孔氏历代修谱都非常严格，明天启年间修谱规定义子不能入谱，违者重究。清康熙时修谱，规定更加详细：
一，凡不孝、不悌、犯义、僧道、邪巫、优卒、贱役等，都被认为是
“辱祖玷宗，丧名败节，皆不准入谱”；
二，因修谱都是集资，所以规定族人每丁交银八分，违者不准入谱；
三，孔氏子孙不仅行辈字有一定规定，即使用字亦随行辈而定，不准乱用。
修谱时，如有不依规定乱取用者，必须改正，否则不得入谱。乾隆甲子修谱除继承康熙时的规定外，又提出凡“养异姓为子、赘婿冒姓、子随母嫁携来同居”者，亦不得入谱。对以上各方面，不仅各户头要认真作保证，而且还发动族人知情者履行检举之责。
在孔氏宗族中，除大宗主衍圣公主持纂修的全谱外，各户、各支派还有自己纂修的小谱或支谱。这些谱牒各具特色，保存了大量珍贵的历史资料。比如，《林前户支谱》记载了从汉至清历代皇帝对孔氏优免赋役的敕文，并收入嘉庆年间立于孔庙毓粹门下的蠲免碑文。《大宗支谱》则收入了更为详细的资料，在人名之下不仅载有字号、功名官职，还有妻妾娶自何家、其子娶何家之女、其女嫁与何家之男等内容。由于支谱所刊印数量较少，留存下来的仅有八部，它们是：《东家小谱》、《嫡系小谱》、《续修支谱》二种，《大宗支谱》二种，《林前户支谱》、《林前户重修孔子世家谱》。
凡是流寓外地的孔氏族人纂修的支谱，必须获得衍圣公的批准，加盖衍圣公府大印后才能成立。各级官府主要根据衍圣公府钤印的有无，来判断内孔与外孔，决定是否给予优免差徭及有别于齐民的特权。