与显性标记如AFLP和ISSR不同， 微卫星 等位基因是共显性的，因此每个基因座的基因型和等位基因频率的推断是直接的。 对于不受大规模基因组计划影响的物种， SNPs 的开发比微卫星开发更加困难和昂贵。 更重要的是，识别相关个体的能力主要取决于每个基因座的等位基因数及其杂合度，微卫星在两个方面明显优于其他标记，5-20等位基因和杂合度> 0700是典型的，如 许多野生种群。

然而，微卫星对基因分型误差也很敏感，特别是在自动多重系统中（Pompanon et al，2005）。 近年来，单核苷酸多态性（SNP）越来越受欢迎（Anderson和Garza，2006; Hauser等，2011; Jones et al，2010; Pemberton，2008）。 主要原因是高通量筛选，低错误率（<01％）和实验室与微卫星相比标准化更容易和更便宜的事实（Anderson和Garza，2006）。 SNP是双等位基因，与多等位基因微卫星相比，它们具有较低的分辨能力。 然而，这可以通过对更多数量的标记物进行基因分型来补偿（Haasl和Payseur，2011; Hess等人，2011; Wang和Santure，2009）。

福建武夷山邱姓是否为孔子真正后裔？鲜卑丘穆陵氏是否是山东姜子牙-丘穆公祖先传说之原型？亦或是蒙古人汉化后组群认同的祖源伪托？

我姓邱，名叫邱晨，现居天津，生于1988年12月11日，今天就是12月11日，我31岁了，基因检测出来非常开心，我的Y染色体为Q1a1a1a1a。在我生日这一天我啰嗦一下，以便怀念一下我的爷爷和祖先吧……我上网搜孔子后裔曲阜地区孔姓后人的Y染色体有Q1-M120，不知道和我这个Y染色体Q1a1a1a1a有没有血缘上的关系？这个M120到底是啥？怎么查？小的时候听我爷爷说，祖上是孔子的真正后裔，世袭丘明道的称号，说是明代的皇帝封的世系真人，有道教的传统，到我这一代是第88代。据说这个 称号是个组织代号，我也不太清楚来龙去脉。我一直对这些说法抱以怀疑的态度，明代皇帝封的为啥到我这辈有88代多，为何不从明代始封的算第一代？孔子现在的后裔最多是七十多代，到我这个88代就很奇怪，而且我是88年出生的怎么就这么巧合？孔子是儒家的宗师，而我这个又是道教传统？汉族传统是有名讳的，孔子名丘，名讳的传统是否从先秦就有，以及姓氏合一好像是战国-汉代之后随着社会结构的变化才比较稳定的确定下来的，是否有以先人的名字为姓的可能，这些问题都是我的困惑，我爷爷也无法解释。但是族谱由于上世纪众所周知的原因被人强行焚毁，导致现在没有文献资料去查证这些传说，是不是祖上高远其来者的美好假托，因此希望借助基因检测的方式来证明或证伪，以下仅列我爷爷给我讲的家族传说，因为听的时候太小，我小的时候让我爷爷写过回忆录，但是后来怎么也找不到了，可能记忆也有偏差，希望以后有空能在我那些书堆里找到我爷爷那份回忆录吧，也算是对祖先的怀念。祖先传说：小时候听我爷爷说，祖上是福建浦城、崇安地区的人（现属武夷山地区），祖上是天地会这类社会组织的成员，一直致力于反清复明的秘密事业，有一部分族人迁居南洋筹备资金，有一部分族人迁居京杭大运河一线，试图建立南北秘密沟通渠道，我的祖先就是在清初迁居天津的。据我爷爷说，家谱上记载，祖上是孔子的真正后裔，为躲避战乱随孔子的弟子逃到越国。由于各种历史原因一直隐姓埋名，世代与越国人生活在一起，但是保留自己族群的生活习惯和风俗，族谱记载汉代以后一直隐居在武夷山地区。家谱中记载家族分为14山堂多用《山海经》中的仙山名称命名，比如有方山堂、龙山堂、明山堂、常山堂、荒山堂等……这些山堂各自有各自的职责负责不同山头和神灵的祭祀活动，还有很多葬俗和礼仪建筑的规制（据我爷爷说他印象最深的是一种叫做明堂的圆形建筑，看起来像是一口井，但是建在山顶，我小时候开玩笑觉得那可能是外星人的发射基地，都是儿时的美好回忆……）。后来由于历史原因各个山堂都慢慢消亡或合并了。各山堂的祭祀服饰和祭祀礼仪规则等，只记录在家族秘密族谱中，用特殊的文字书写（据我爷爷说族谱中大部分都是用汉字书写的，但是有些文字看起来特别像汉字但像是道教的符咒文字，有些段落又特别像是梵文巴利文，据说是用那些文字拼写一些我们族群特殊的语言，好像是汉字无法写出来的一些词汇……不知道是为了神秘主义的某种崇拜，还是某些古老的民族语言传承？），但现在那本族谱被人为焚毁后，也都死无对证，只有这些残存的记忆留存下来。我们家这一支系据说一开始属于明山堂，后来由于龙山堂的势力比较大，清代以来就一直依附于龙山堂的势力做漕运贸易（盐茶类），我们家祖先就是迁居在天津和沧州、黄骅一带的，世代习武做些漕运和镖局的生意，也有族人学文做些漕运师爷文书的工作，还有一部分捐一些武职，可能也是为了帮助生意兴隆或者是脸上贴金吧。清末的时候据说族中人口很多，但是多数人参加了清末的各种政治活动和战争，最后都杳无音讯了，只有我家这一支存活下来，我的父亲的字辈由于家谱被烧毁而失落无考，和历史原因就取当时苏联航天员加加林的名字，也算是赶上了当时的时髦，我爷爷叫邱恩椿我记得我爷爷还有两个堂兄弟叫邱恩桐、邱恩柏、我的曾祖父（爷爷的爸爸）排行第九叫邱宝元曾一直担任文书工作，据说解放天津时的城防图就是我祖父偷着从市政府誊录交给地下党的，我对于家族中人名也就记得这么些了，我爷爷说我的曾祖父会说一些闽南语和粤语，但是他的那些语言又有自己族群的特色，和纯正的闽南语和粤语也有区别，民国时期我的曾祖父还和南方的部分族人有联系（应该是龙山堂的人），据说还有个堂兄后来下南洋去了，好像是去了泰国。寻根溯源：前些年去祖籍地去问，武夷山地区和福建的邱姓族人多认为自己是姜子牙的后代，族谱也多写的是姜子牙的后裔。我爷爷给我讲的家族传说比较多，比如历史上由于族中人口太少，为了自保不断融入外族人，其中有逃避鲜卑人，蒙古人追杀的人，还有和其他当地人通婚后改姓邱的人，也曾提过姜子牙后裔问题，他说宋代时期姜子牙是武圣人，就类似于今天的关老爷的地位，福建地区多有崇拜泰山石敢当的族群，可能是这些人制造了姜子牙后裔的传说，我爷爷对于自己是谁的后代也比较感兴趣，研究的也比较多，但是当时没有分子人类学，现在想来他晚年多半是从文化学的角度来溯源吧，他觉得孔子及其弟子多半有东夷人的血统，过着习惯到处迁徙的生活方式。祖先传说是越王的国师，一直生活在闽越之地，因此我爷爷对吴越战争问题也比较感兴趣，他觉得吴国人可能是舜帝的后裔，而非姬周的后人，他们可能冒认祖先了，小的时候听到这些分析就非常感兴趣，我爷爷还经常给我买恐龙杂志，因此我小的时候对恐龙，对考古，对于神仙方术非常感兴趣。家谱上曾记载过五代-宋不断有北方人迁徙到武夷山地区，我们的祖先友好的接纳了他们。现在福建地区邱姓多说自己是姜子牙儿子丘穆公的后代，不知这个是不是跟鲜卑的丘穆陵氏有关系？毕竟历史上查不到丘穆公这个人，而鲜卑的丘敦氏、丘林氏，是否是与土著的邱姓族人融合后形成的？我查了下微基因鲜卑人的基因多是C，好像没看见有Q的，不知道我这个Q跟孔子是不是有关系，我看元朝的阔里吉思也是这个Y染色体的，不知道他这个是不是和我们家这个族群有关系，我家这个所谓族谱的真实性到底有多高？是否是宋代批量制造族谱的产物？如果是的话那么我们加这个和蒙古人和鲜卑人或者和孔子到底是啥关系？还望有识之士畅所欲言，非常感谢！