秦氏主源出自赢姓，相传系秦三世子婴后人，以国为氏；又一支出于姬姓，居秦邑，以邑为氏；另一支出于楚，古代称之三秦。上海和长江三角洲地区秦姓，大多源自高邮秦观家族，宋靖康之乱时，南居扬州和苏南；咸淳年间，秦知柔兄弟由扬州南渡，分居沪读、浦东九团、青浦赵屯。秦知柔孙就是秦裕伯。在此前后，同族秦约从盐城迁崇明，秦君瑞迁紫堤、幡龙，秦辅之从无锡迁嘉定。

秦姓在中国是一个较常见的姓氏，但它是一个多源流的姓氏，起源并不是同一个家族。历史上有很多民族和家族都有分支演变为秦氏，主要流派有：姬姓秦氏、赵（嬴）姓秦氏、满族（女真）秦氏、蒙古秦氏、罗马秦氏等。

汉族的秦氏主源是姬姓秦氏，其始祖是周公旦的一支后裔，以鲁国公族身份封邑于“秦邑”（河南省范县旧城村），以邑为氏称为秦氏，这是中国秦氏的正统。代表人物有秦越人（扁鹊）秦开秦舞阳等。所以，汉族秦姓最早大约起源于西周中期。

还有一支是由赵氏分蘗而出：秦朝灭亡后，其皇族（秦国君主属于嬴姓赵氏的庶系家族）有一些后裔“以国为氏”改为“秦氏”。唐代史料《元和姓篡》记载：“伯益裔孙非子，周孝王封之秦，陇西秦亭也。至始皇灭六国，子婴降汉，子孙以国为氏。”

女真、满族、蒙古族的秦氏属于民族融合和汉化的产物。罗马秦氏则是一些居留于中国的罗马帝国移民的后代。

秦氏先祖为避免后代人重名，便规定了辈分统用字，为：…伯、福、鸿、裕（玉）、嗣、续、丕、昌、其、懋（茂）、修、为、以、陪、本、元。 在伯子辈以上，统用：福、惟、聿。 浙江: 继、宏、山、思、林、永、步、风、德 山东 启、右、显、贞、世、泽、永、震 湖北 宜昌 炎、神、世、尚、文、明、道、利、开、本、月 山东淄博 元 玉 怀 志 湖北 随州 长、寿、宣、传 、学、文、世、礼 安徽庐江： 天 水 明 宗 竹 山 继 正 佳 习 传 芳 山东 贞 元 承 立 昌 甘肃 武威市 大、生、长、山、国 安徽临泉 希 云 洪 连 志 子 江苏省宿迁市沭阳县 兴 诗 立 礼 守 义 官 仁 湖北恩施 大世万代兴 永历传家宝江苏南京、 文 锦 传 家 绍 青海 发、昌、武、盛、建、邦 重庆 家 国 正 天 山东省桓台县陈庄镇南郭村： 佩、茂、善、纪、克 山东东营广饶： 凤、居、同、道、修、 景（永、恩）、志、福、兴、延、耀 辽宁黑山： 一、文、似、国、大、自、如、百、洪、凤、树、玉 湖北 辉、基、钜、泽 山东菏泽成武 汝 宗 传 敬 恩 昌 贵州 延明文武荣 江苏连云港赣榆县黑林镇秦埠地村 绪、同、继、德、广、永、华、大、吉、长 陕西 原籍山东 国 大 吉 昌 江苏 淮安 祖籍山东 永， 佩， 广 ，习 ， 江西九江 绍，隆，永，克，窗，书 河南濮阳 亿 贵 洪 道 永 中 心 言 庆 良 贵州遵义 才子重文字，佑秀宗祖泰，富贵鳌头建,久占立三台,世朝登良佐,相贤国运开,君臣传万代,明高德厚培 湖南岳阳 中。和。本。四。西。 湖北宜昌 科、正、文、长、远，昌、龙、万、世、兴，光、宗、耀、祖、德，发、达、永、恒、生 贵州 少、林、 国、军 重庆石柱 大本从天绪,文定自成章 四川内江 光 忠 师 宇 地 湖南岳阳 秉玉以易士 钟和本世（希） 孝友家声大 明良国运长…… 广西博白礼 永 华 丕 振 山东郓城 益 宝 清 廷 瑞 余 福 庆 山东成武 先 明 冠 汝 宗 传 敬 恩 仓 浙江鄞县 锡、嗣、廷、元、开、运、际、伟、会、永、言、寿、思、文、宗、天、启、奋、仕、隽、英、辅、治、有、采、勋、策、鼎、铭、奕、世、绍、美、行、敦、修、齐、钦、扬、道、撰、丕、建、嘉、读、孚、通、汝、尔、礼、教、远、（单字）、惟、能、作、了、睿、哲、肃、端、万、方、颂、载、德、积、致、祥、寿、乃、康、履、本、大、支、蕃、聿、介、福、祉、麟、凤、来、仪、怀、其、若、水、荣、达、高、标、显、章、勉、承、悠、久、恒、在 浙江剡县