明朝是中国历史上最后一个由汉族建立的王朝。其历史进程分为四期：
明朝前身——西吴时期（1364年-1368年）
统治全国——明朝时期（1368年-1644年）
江南半壁——南明时期（1644年-1662年）
最后余波——明郑时期（1662年-1683年）
蒙元的统治日益残暴黑暗，元顺帝（元惠宗）统治时期，韩山童、刘福通、徐寿辉等爆发了红巾军起义。朱元璋参加了红巾军，他南征北战。1364年，朱元璋自称为吴王，史称西吴政权。1368年，朱元璋称帝，以应天府（南京）为京师，国号大明，年号洪武，建立了明朝。朱元璋就是明太祖。不久他又命徐达、常遇春等大将北伐蒙元，攻占大都（北京），元顺帝北逃，元朝在中国98年的统治宣告结束。明朝共有二十位皇帝（包括南明四帝）。明朝的领土曾囊括清朝时期所谓内地十八省之范围，并曾在今东北地区、新疆东部、西藏等地设有羁縻机构。明初以应天府（今南京）为京师，明成祖永乐十九年（1421年）迁都北京，南京应天府改为留都。
明朝初年国力强盛，北进蒙古，南征安南，明英宗幼年即位时，朝中有“三杨”杨溥、杨士奇、杨荣主持政局，“海内清平”。至正统七年，宦官王振开始擅权；正统十四年发生土木堡之变，永乐以来的军事优势遭到破坏，并使国力大损，但景泰皇帝任用于谦击败瓦剌。弘治时期是明中期政治作为清明的时期，历史上称为“弘治中兴”。正德、嘉靖朝始逐渐中衰，社会矛盾萌发，并面临蒙古、倭寇两大外患。隆庆年间，俺答进贡，开放海禁。明神宗万历朝初期在名相张居正的辅政之下曾一度中兴。后世计当代朝廷岁收，明朝的经济规模可称世界第一。惟至万历朝中期始，皇帝怠政，官员更加腐化，地主阶级到处搜刮民脂民膏，导致江南民变的发生，关外满族作乱，财政恶化的明朝开始走向衰亡。天启年间，中官黄门集团的专政加快了这一进程的发展。至崇祯年间，人民纷纷揭竿而起，后金（满清的前身）的军队也突破长城防线，五入关内。明崇祯十七年（1644年），陕西榆林人李自成率军攻占北京，崇祯帝自缢，明朝在全国统治宣告结束，同年清军入关。之后明朝宗室相继在江南建立明朝政府，史称南明，明永历十六年（1662年），降清明将吴三桂将永历帝绞杀于云南昆明，南明灭亡。但台湾郑氏集团继续沿用永历年号，建立明郑政府，直到明永历三十七年（1683年）降清明将施琅进攻台湾，郑氏投降，明朝监国宁靖王朱术桂自杀殉国，明祚告终。
明朝经济文化在中国历史上属于较发达阶段。明朝早期君主集权强化，皇帝大权独揽。但是在宣德以后，皇权开始削弱，权力在内阁与宦官之间争夺。从明朝末年满清初年开始，西方伴随着文艺复兴、地理大发现和宗教改革，在世界的地位开始与东方平起平坐,并逐渐超越中国。同时，西学也随着一批传教士来到中国，为东西文化的交流开辟了窗口与机会。

西吴（1364-1368）

元朝末年，政治腐败，蒙古统治者争权夺利，百姓怨声载道，包括汉族在内的广大人民受到空前压迫。国库也日渐空虚。351年，朝廷征调农民和兵士十几万人治理黄河水患。“治河”和“变钞”成为民变的导火线，导致红巾军起义的爆发。
1351年5月，韩山童、刘福通领导红巾军起义爆发。次年，郭子兴响应，聚众起义，攻占濠州（今安徽凤阳）。不久，贫苦农民出身濠州人朱元璋受汤和邀请投奔郭子兴，屡立战功，受郭子兴器重和信任，并娶郭子兴养女马氏为妻。之后，朱元璋离开濠州，发展自己的势力。1355年，刘福通立韩山童之子韩林儿为帝，称小明王，国号大宋，年号龙凤，以亳州为都城。郭子兴病故后朱元璋统率郭部，任小明王左副元帅。龙凤二年（1356年），朱元璋率兵占领集庆（今江苏南京），改名为应天府，并攻下周围一些军事要地，获得了一块立足的基地。此时的朱元璋处境艰难。朱元璋采纳谋士朱升“高筑墙，广积粮，缓称王”的建议。龙凤六年（1360年），通过鄱阳湖水战，陈友谅势力遭到巨大打击。次年，小明王封朱元璋为吴国公。龙凤九年（1363年），陈友谅势力被完全消灭。龙凤十年（1364年）朱元璋自称吴王，史称西吴王，与位于平江（今江苏苏州）的东吴王张士诚相区别。龙凤十二年（1366年）小明王沉于江中溺死，朱元璋将明年改为吴元年。吴元年（1367年），朱元璋攻下平江，张士诚自尽，之后朱元璋又灭割据浙江沿海的方国珍。1368年正月，朱元璋在应天称帝，建立明朝，改元洪武，之后趁蒙元内斗之际进行北伐和西征，同年攻占大都（今北京），元顺帝北逃。之后朱元璋继续消灭位于四川的明玉珍势力和据守云南的元朝梁王。又深入沙漠，进攻北元。天下至此初定。

明朝（1368－1644）

洪武时期
明朝建立后，朱元璋一方面减轻农民负担，恢复社会的经济生产，惩治贪污的官吏，收到一定的效果。朱元璋确立了里甲制，配合赋役黄册和鱼鳞图册的施行，落实赋税劳役的征收及地方治安的维持。朱元璋平定天下后，大封功臣。但是朱元璋性格多疑，也对这些功臣有所猜忌，恐其居功枉法，图谋不轨。而有的功臣也越过礼法，为非作歹。朱元璋藉此两兴大狱，即“胡蓝党狱”，几乎将功臣全部诛杀。
靖难之役与永乐时期
朱元璋分封诸子为藩王，以加强边防、保卫皇位。藩王之中，北方藩王势力较强，主要是对蒙古的边防任务。又尤以燕王朱棣和晋王势力最大。对皇权构成极大威胁。
朱元璋死后，皇太孙朱允炆继位，是为惠宗，年号建文。建文帝立刻与亲信大臣齐泰、黄子澄等密谋削藩。周王、代王、齐王、湘王、岷王等先后或被废为庶人，或被杀。同时以边防为名调离燕王的精兵，准备削除燕王。结果燕王朱棣在姚广孝的建议下以“清君侧”的名义，发动靖难之役，最终占领了南京，建文帝在宫城大火中下落不明。朱棣胜利，靖难之役告终。朱棣革除建文年号，继续使用“洪武”纪年，即建文四年改为洪武三十五年，次年改元永乐。同时下令尽复建文朝所改的一切成法和官制。永乐元年，朱棣登基，是为明成祖（明仁宗时定庙号为太宗，明世宗于嘉靖十七年九月改庙号为成组）。
成祖即位之后，武功昌盛，先是出击安南。后又亲自五入漠北攻打蒙古以绝后患。在文治上，成祖下令编写《永乐大典》。三年即成。《永乐大典》有22877卷，又凡例、目录60卷，11095册，引书达七八千种，字数约有三亿七千多万，且无删节。永乐三年始，朱棣派郑和下西洋，规模空前，扩大了明朝的影响力。永乐元年（1403年），成祖下诏将北平改名北京，称行在，并设立北京国子监等衙门。永乐五年（1407年），下诏在北京修建宫殿。永乐七年（1409年），成祖巡幸北京，在北京设立六部与都察院，并在北京为逝世的徐皇后设立陵寝，已经显示迁都的迹象。经过十几年的经营，北京初步得到了繁荣。1416年，朱棣公布迁都的想法，得到认同。永乐十五年开始大规模营造北京，永乐十八年宣告完工，永乐十九年正式迁都。
但是成祖同样对异议者大肆杀戮，诸如黄子澄、齐泰等建文旧臣等都被杀。其中以方孝孺的“诛十族”和景清的“瓜蔓抄”最为惨烈。另外他还设置了另外一个特务组织——东厂。明代厂卫制度确立。
仁宣之治
明成祖死后，太子朱高炽即位，是为明仁宗。明仁宗实行休养生息政策，以积蓄民力。他还鼓励生产，宽行省狱。之后的明宣宗继续实行以仁政治国的方针，使国力进一步强大，史称“仁宣之治”。然而在这一时期打破了太祖留下的太监不得干政的规矩，一些太监开始干政，为明中期的宦官专权埋下隐患。
土木堡之变与英宗复辟
宣德十年（1435年），9岁的明英宗朱祁镇继位。在张太皇太后及元老重臣杨士奇、杨溥、杨荣（三杨）的辅佐下，明朝继续沿着仁宣时期的路线稳步前进。正统七年（1442年）太皇太后死，三杨也退出政治舞台，于是英宗宠信的宦官王振更加专横跋扈，开始专权。
正统初年，蒙古瓦剌部逐渐强大，经常在明朝边境一带生事。瓦剌首领也先在正统十四年（1449年）七月南下攻明。王振即挟英宗领兵五十万亲征。大军离京后，兵士乏粮劳顿。八月初大军才至大同。王振得报前线各路溃败，惧不敢战，又令返回。回师至土木堡时，被瓦剌军追上，兵士死伤过半，随从王公大臣或死难或被俘。而英宗突围不成被俘，王振也被护卫将军樊忠打死，此即为土木堡之变。
土木堡之变的消息来到京师后，朝中混乱。一些大臣要求迁都南京，被兵部侍郎于谦驳斥。继而大臣拥戴英宗弟朱祁钰即位，是为代宗，改元景泰。同时于谦积极备战。同年十月，瓦剌军直逼北京城下，安置英宗于德胜门外土关。瓦剌军队的进攻未果，大败逃走。也先见继续绑架英宗已无意义，乃于次年八月释放英宗。但代宗先是不愿遣使迎驾，又把英宗放在南宫软禁，并废皇太子朱见深（英宗之子，后来的宪宗）为沂王，立自己的儿子朱见济为太子。不久之后，朱见济病死，代宗也迟迟不恢复朱见深为太子。景泰八年正月，代宗病危。十六日，副都御史徐有贞率军夜入南宫，拥戴英宗夺门（东华门）复位，改元天顺。又杀害于谦及大学士王文，诬陷其欲立襄王之子为帝。此为夺门之变，又号“南宫复辟”。
宪宗时期
英宗复辟八年而死，儿子朱见深即位，是为明宪宗。成化二年谕祭于谦，复其子冕官，成化十一年恢复代宗帝号。又能体谅民情，励精图治，俨然为一代明君。琉球、哈密、暹罗、土鲁番、撒马儿罕等国纷纷入贡。但好景不长，宪宗好方术，终日沉溺于后宫，与比他大18岁的万贵妃享乐，并宠信宦官汪直、梁芳等人，他们肆意挥霍国库，导致国政大乱。而朝廷中佞臣当道，政局昏暗。宪宗还设置皇庄，开明代土地兼并之先河。另外，宪宗还开始了皇帝直接颁诏令封官的制度，是为传奉官。结果传奉官泛滥，舞弊成风。直到孝宗时期这些官员才全被裁撤。宦官汪直受到宪宗的宠信，张狂跋扈，设置特务组织西厂大肆冤杀普通民众与官员。民愤四起，但汪直依然握有大权。成化十八年（1482年），汪直才因言官弹劾而被贬。
弘治中兴
宪宗死后，明孝宗朱佑樘即位。由于孝宗自幼生于微寒，所以孝宗在位期间“更新庶政，言路大开”，使英宗朝以来奸佞当道的局面得以改观，被誉为“中兴之令主”孝宗的励精图治，被称为弘治中兴。虽末年宠信宦官李广，但是立刻改过自新，历代史学家对他评价极高。 孝宗在位期间，先是将宪宗期间留下的一批奸佞冗官尽数罢去，逮捕治罪。并选贤举能，将能臣委以重任。孝宗勤于政事，每日两次视朝。孝宗对宦官严加节制，特务部门也只能谨慎行事，用刑宽松。孝宗力行节俭，不大兴土木，减免税赋。用情专一，一生除了张皇后外无任何妃嫔。在其治理下，弘治一朝期间政治清明，百姓富裕。
武宗乱政
弘治十八年五月，孝宗病死。十五岁的太子朱厚照即位，是为武宗，改元正德。武宗本性贪图享乐，整日与内臣沉湎于声色犬马之中。刘瑾、马永成、谷大用、魏彬、张永、丘聚、高凤、罗祥等八位过去的东宫宦官相互勾结，是为“八虎”。八虎想尽办法奉迎阿上，导引皇帝逸乐，残害忠良，导致朝政再次腐败。八虎之中的刘瑾独揽大权，将自己的党羽延揽入阁，还想方设法满足武宗的玩乐需求，建造豹房供其*乱。但是刘瑾的专权也引发了朝中大臣一其它“七虎”的不满。最终刘瑾被判凌迟3357刀处死。但是，武宗依然不思朝政，又开始信用佞臣江彬。
武宗的荒游逸乐导致正德年间土地兼并激烈，阶级矛盾和统治集团内部矛盾加深，因此变乱频生，先后发生宁夏安化王朱寘鐇谋反、直隶刘六、刘七起义、江西宁王朱宸濠谋反等重大事件。正德十五年，武宗于南直隶清江浦（江苏淮安）泛舟取乐时落水染病。正德十六年（1521年）三月武宗去世。
嘉靖隆庆二朝
武宗无子嗣无兄弟。死后由孝宗弟兴献王长子朱厚熜即位，是为明世宗。世宗一即位，罢黜各地镇守太监，整顿税收，节俭财政，似乎要有所作为。但是大礼议事件严重损害了朝政：世宗要求称生父为皇考，称孝宗为皇伯考。但内阁首辅杨延和、礼部尚书毛澄等坚持以为不可，但是也有一些大臣纷纷迎合帝意。最后世宗尊其生父恭睿渊仁宽穆纯圣献皇帝，庙号睿宗。这样睿宗神主就升祔太庙，而跻于武宗之上（隆庆元年，罢睿宗明堂配享）。大礼仪引起轩然大波，朝臣中反对者均受打击，或被罢官，或被入狱。受杖者一百八十余人，杖死者十七人。同时，世宗奉道教，信用方士，滥用公帑，挥霍无度，并在宫中日夜祈祷。先是将道士邵元节入京，封为真人及礼部尚书。邵死后又大宠方士陶仲文。自嘉靖二十一年（1542年）“壬寅宫变”后世宗即不视朝。此后宠臣严嵩专政20余年，朝政腐败黑暗到极点。
嘉靖一朝，国家外患不断。北面鞑靼部趁明朝衰弱而占据河套。嘉靖1550年，鞑靼首领俺答汗进犯，在北京城郊大肆抢掠之后西去，明军在追击中大败，此为庚戌之变。穆宗时，明朝与蒙古通好，俺答被封为顺义王。在南部海疆，倭寇横行，人民生活生产受到严重破坏。但是后为戚继光、胡宗宪、俞大猷剿灭。
世宗去世后，皇子朱载垕即位，是为明穆宗，改元隆庆。穆宗在位六年，任用能臣如高拱、徐阶、张居正等，内政形势总体较佳。为万历初年的中兴奠定了基础。虽然这两朝的政治腐化加剧，但经济仍有发展。
张居正改革
隆庆六年，明穆宗突然中风驾崩，子朱翊钧继位，是为神宗，改元万历。由于神宗年幼，于是由太后摄政。重臣高拱由于与太后信任的宦官冯保对抗而被罢官，相反张居正得到冯保的鼎力支持。
张居正辅政十年，推行改革，在内政方面，提出“尊主权，课吏职，行赏罚，一号令”，推行考成法，裁撤政府机构中的冗官冗员，整顿邮传和铨政。经济上，清丈全国土地，抑制豪强地主，改革赋役制度，推行一条鞭法，减轻农民负担。洪武年间，全国耕种田地有八百五十万零七千六百卅二顷。到了弘治十五年（1502年）降低到四百二十二万八千零五十八顷。而万历九年经过张居正的治理后达到七百零一万三千九百七十六顷。军事上，加强武备整顿，平定西南骚乱，重用抗倭名将戚继光总理蓟、昌、保三镇练兵，使边境安然。张居正还启用潘季驯治理黄河，变水患为水利。同时严惩贪官污吏，裁汰冗员。
张居正改革后，万历初年呈现出太平盛世的景象。张居正逝世之后，中兴之象消失。明王朝从此走上了衰败之路。
万历怠政
张居正死后初期，神宗尚能保持对朝政的兴趣，但不久就开始怠政。万历十四年后，神宗就开始连续不上朝。万历十七年元旦后，神宗以日食为由免去元旦朝贺。此后每年元旦神宗再也不视朝。自万历十六年后，常朝也经常看不到神宗。神宗整日在深宫中不理政事，沉浸在花天酒地之中。每年还进行选美。神宗还好营建，经常大兴土木。在他廿一岁时就开始筹建陵园。万历十七年，大理寺左评事雒于仁上疏，称神宗沉湎于酒、色、财、气，结果被贬为民。神宗还派矿监和税监搜刮民间财产，导致多处民变发生。由于神宗不理朝政，缺官现象非常严重。万历三十年（1602年），南北两京共缺尚书三名，侍郎十名；各地缺巡抚三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。神宗委顿于上，百官党争于下，政府完全陷入空转之中。官僚队伍中党派林立，互相倾轧，如东林党、宣党、昆党、齐党、浙党等名目众多，但其所议议题却不是如何改良朝政，只是人事布局而已。
万历朝包括援助朝鲜王朝抵抗日本侵略的壬辰倭乱、平定宁夏哱拜之乱、平定贵州杨应龙之乱的万历三大征都取得了胜利。万历四十六年（1618年），后金努尔哈赤以“七大恨”告天，誓讨明朝。次年在萨尔浒之战中大败明军，明朝对女真从此转为战略防御。
魏忠贤乱政
泰昌元年(1620)，光宗驾崩。长子朱由校继位，是为明熹宗，改元天启。熹宗文化水平不高，又喜欢木匠工作。阉党魏忠贤趁势而起，结党乱政，明朝社会更加黑暗。
但是在深层次的站在中立的立场来评价，其实所谓的“魏忠贤乱政”，是明朝文官集团中占有优势数量的“东林党”和“浙党”、“齐党”、“鲁党”为了各自的利益所引发的。皇帝企图通过内廷与朝中少数派的官员联合起来，从东林党把持的内阁中争夺权力的斗争。这种斗争随着天启皇帝病逝而最后告终。天启皇帝死后，崇祯皇帝又开始起用“东林党”官员，不久魏忠贤被皇帝调到凤阳看守皇陵，魏忠贤上吊自杀。
内忧外患
天启七年，熹宗死去。继任熹宗的是其弟信王朱由检，是为思宗（明安宗初谥为思宗，后改为毅宗，明绍宗谥为威宗），年号崇祯。他即位后，锐意改革朝政。他首先下令停建生祠，又逼客氏移居宫外。时机成熟后，崇祯帝下令魏忠贤去凤阳守陵。魏忠贤在前去过程中得知被崇祯帝已派锦衣卫来逮捕他，便与党羽李朝钦一起自缢。崇祯帝将其首级悬于河间老家。同时将客氏押到浣衣局处死。阉党其它分子也被贬黜或处死。阉党专权虽然结束，但其后朝中又党争不断，崇祯帝对朝政又开始失望。为中兴国政，他开始加强集权，力图控制百官，任用宦官来贯彻自己的革新意志。
1629年（明朝后期地图(崇祯年间)崇祯二年）10月，后金汗皇太极由蒙古人做向导亲率大军，通过喜峰口，从龙井关突破长城，攻陷遵化、滦州、永平、迁安四座国防要塞，直逼帝都。由于人事变动，朝廷一度失去了对辽西边防军的控制，而卫戍帝都之三大营为后金武力威慑，北京城外园亭庄舍被入侵者蹂躏殆尽。 同年12月，崇祯帝诏令天下兵马进京勤王。
1630年（崇祯三年），帝以“咐托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋疑则斩帅”等罪名将负责辽东军务的袁崇焕处死。同年，后金大军直抵北京城外，明廷大震，重庆女总兵秦良玉挺身而出，率领“白杆兵”主动向八旗军发起进攻。在北京永定门外，皇太极派出多尔衮部迎战秦良玉部。这一仗，秦良玉率白杆兵在孙承宗等老将的配合下战胜铁蹄骑兵。之后，秦良玉又趁风雪之夜成功偷袭皇太极大本营。迫使雄心勃勃的皇太极不得不连弃滦州、永平、迁安、遵化四城，无功而返，退出关外。
1640年清军攻打锦州，崇祯帝派洪承畴带八路总兵率刚刚镇压中原起义的十三万大军出关援锦，在松山大战清军，是为“松锦大战”。结果明军败。洪承畴降清。关外辽东地区至此基本全数沦陷。
1641年，李自成攻陷洛阳，杀福王朱常洵。1643年十月年李自成攻破潼关，十一月占领西安。张献忠领导的农民军主要在南方发展，先是控制了湖广地区，之后又改进攻四川，是为大西政权。1644年李自成在西安宣布建国，国号大顺，年号永昌。崇祯十七年三月，农民军攻陷大同、宣府、居庸关。十八日，农民军攻克北京外城。次日凌晨，崇祯帝在北京煤山自缢，明朝在全国统治宣告结束。
南明（1644－1662）
弘光政权
1644年四月廿一日，李自成亲率部队与吴三桂在山海关外的一片石大战，但由于清军参战，李自成大败。四月廿九日，李自成在武英殿匆匆即皇帝位，深夜便焚烧宫殿与九门城楼，向西撤退。之后，农民军接连内讧，战斗力大损，与清军交战时也连连失败。五月初二，清摄政王多尔衮进京。八日，顺治进北京。北京开始成为清廷都城。而在南京明朝设有形式上的基本的政府机关。1644年五月初三日，崇祯皇帝的堂兄弟福王朱由崧被推为监国。十二天后，朱由崧即皇帝位，是为安宗，以次年为弘光元年。弘光政府内斗不断，内部由阉党余孽专权，实行“联虏平寇”的错误国策，弘光帝也不理政事沉湎在酒色。清军一路南下，攻克中原，很快就到了史可法镇守的扬州城，史可法死守七日七夜，城破，史可法被杀，清军随后在扬州进行整整十日的大屠杀，史称扬州十日，死难者达80万。之后，清军渡江，攻破南京。弘光帝被俘，押解到北京，次年被杀于北京宣武门外的柴市。清军占南京后，又接连攻克苏州、杭州、松江、常州等江南大部。1645年（弘光元年）六月，清军再下剃发令，命令十天之内，清占区汉人一律模仿满洲人装饰剃发易服，“留头不留发，留发不留头”，引发了汉族群众的强烈反抗。江南百姓纷纷起义抗清，其中以嘉定和江阴人民的抗清尤为顽强激烈，先后发生了“嘉定三屠”和“江阴八十一日”等抗清事件，但都被清军血腥镇压。满清统治者野蛮贯彻执行剃发易服，期间死难者人数总数逾越百万，惨烈程度丝毫不逊于近代日本侵华屠杀。
隆武、绍武政权
弘光政权覆灭后，鲁王朱以海监国于绍兴，唐王朱聿键称帝于福州，是为绍宗，年号隆武。隆武帝是南明时期最有作为的一位皇帝，励精图治，关心百姓疾苦，一洗前人弊端，基本国策改以“御虏”为主，但被拥立其继位的郑氏集团架空，处处受制于郑芝龙。1646年（隆武二年）二月，清军开始征伐福建与浙江。六月，鲁王兵败，漂泊海上。八月，隆武帝与清朝追兵搏斗时被乱箭射杀于汀州城衙的大堂上（一说被俘杀）。十一月初五，隆武帝之弟朱聿鐭称帝于广州，是为文宗，改元绍武，仅41天即被清军俘虏绝食而死。十一月十五，郑芝龙不顾郑成功苦谏，北上福州降清。
永历政权
隆武帝被害后，桂王朱由榔于当年十月初十监国于肇庆，十一月十八日正式称帝，是为昭宗，以次年为永历元年。永历政权与已经被击溃的张献忠李自成残部联合抗清，一度收复湖南全境；郑成功坚持在东南沿海地区进行抗清活动，一度攻克过漳泉二府，并奉永历为正朔，永历二年，永历帝指派宁靖王朱术桂到郑成功的部队监国。永历三年后，清军大兵压境，湖南再度沦陷。永历四年，清军攻克广州与桂林。永历帝被迫退守南宁。永历五年，孙可望迎永历帝入贵州安隆所，并进攻四川，一度收复了四川大部。李定国也进攻广西，攻克桂林，清定南王孔有德自焚而死，并大战湖南衡州，斩杀清敬谨亲王尼堪，尽复湖南，一时天下大震。但是，李定国、孙可望两名将领内部不和。永历八年，李定国与郑成功相约会师广东新会，图取广州，未能成功。永历九年，郑成功退守厦门金门两地。永历十一年，孙可望降清，西南军事情报均被孙可望出卖，清兵大规模进攻云南；此时郑成功被永历帝封为延平郡王，同时郑成功带领水军向舟山群岛进发。永历十三年，清军三路入滇，永历帝逃往缅甸；此时郑成功率17万水陆大军北伐，进入长江，攻占下瓜洲、镇江、江浦等地，直抵南京城下，将南京团团围住，结果中清军缓兵之计被清军击败，不得不回到闽南大本营。清顺治帝趁机派达素集中广东、福建、浙江三省兵力攻打金厦郑成功的军队。1661年（永历十五年）2月郑成功炮毙清顺治帝于厦门思明港（一说死于郑成功炮火的是顺治帝之子承政王，顺治帝死于天花或于五台山出家退出历史舞台），达素自杀，清军败退；此时清军入缅，逼迫缅甸政府交出永历帝。1661年3月郑成功派儿子郑经留守金厦，自己攻打被荷兰占领的台湾，经过九月苦战于次年二月复台。1662年（永历十六年），永历帝被降清明将吴三桂绞杀于云南昆明，南明灭亡。同年，郑成功病逝于台湾，李定国病故于猛腊。

明郑（1662－1683）

永历帝被害后，全国较大规模抗清活动就只有夔东十三家抗清与郑成功在台澎金厦抗清了。李自成余部在湖南抗清失败后，转移到川、鄂山区进行活动，在夔州府以东地区继续抗清，史称夔东十三家。1662年清军开始对其进行绞杀，1664年，夔东十三家军抗清失败，首领李来亨全家自焚。1662年6月郑成功病逝后，郑经从厦门来到台湾接手经营，仍旧沿用永历年号，并于次年从福建迎接明朝监国宁靖王朱术桂入台。1663年满清与荷兰联手进攻金门与厦门，金厦两岛陷，明郑势力撤退台湾，在陈永华的辅政下，抚土民、通商贩、兴学校、进人才、定制度，境内大治。1673年三藩之乱爆发，郑经接受靖南王耿精忠请援，率军西征福建。郑经收回厦门后，并收漳州、泉州与潮州三府，进而攻下广东惠州。后来，广东平南王尚可喜、福建靖南王耿精忠相继为清军所平定，云南平西王吴三桂亦败亡，郑经势力败退仅能守住厦门，1680年清将万正色遣人游说郑军水师副总督朱天贵（原为耿精忠部将）率舰300艘，将士2万余人降清，郑经放弃厦门并班师回台，之后沉迷于酒色。1681年郑经病殁，遗命郑克臧嗣位，冯锡范拥立其婿郑克塽，独揽大权。清康熙帝以降清明将施琅为水师提督征讨台湾。1683年（永历三十七年），施琅大败刘国轩攻克澎湖，给台湾造成极大军事压力，结果郑克塽剃发降清，明朝监国宁靖王朱术桂携五妃自杀殉国，明朝最后一股抗清势力覆灭，中国第二次亡国。