秦朝末年秦始皇的儿子胡亥和扶苏的部分子孙迁居到朝鲜，后来他们再由朝鲜迁到日本，此时他们已改姓“秦”。到日本的初期他们中有人掌管日本朝廷的出纳工作并且为天皇养蚕织绢，天皇赐姓、叫其中一部分人改姓“太秦公”。雄略天皇执政时期（公元456-479年），姓秦的秦始皇的后代在当时日本京城的人口中占了92部，总共18670人，到日本钦明元年（公元540年）时在京都繁衍到了7053户、35000人左右。现在日本京都附近的太秦就是日本秦氏的初居地。到九世纪时，日本秦氏已分支成太秦公、秦、秦冠、河内秦、山城秦等15个姓氏，到现在，日本秦氏已分化出总共44个姓。明治维新时日本政府要求所有的日本人都必须有姓（此前很多的日本百姓没有姓、没有学名大名、只有小名）并且强迫部分秦始皇的后代改姓羽田、波多等姓，京都的秦氏家庙（祠堂）及有关的历史文献遭到破坏（家谱就是一种历史文献）。
下面我列举一部分日本秦氏后人所拥有的姓：
秦内、太秦公（秦始皇三世孙 孝武王的后代，日本天皇先后赐封秦始皇的后代中的几个人为孝武王、男功满王、男融通王……）、秦公（姓这个姓的人是秦始皇帝孙“孝德王”的后代）、秦长连、秦野、秦井、秦多、秦当、秦佐、秦冠、秦前、秦党、秦原、秦小宅、已智、三林、长冈、……
秦氏后人中在日本比较著名的有：
1、秦野章（姓“秦野”）：80年代初中曾根任首相时他任法务大臣；
2、秦真次：昭和时期（就是裕仁当天皇时）曾当过陆军中将，福冈县人。
3、秦朝元：恒武天皇时的重臣 藤原种继的岳父，权倾朝野