一般说来，作为圣裔的孔氏宗族常常自称“内孔”或“真孔”，而把同姓不同宗的孔氏称为“外孔”或“伪孔”。这里的里外、真伪，是以圣脉的流传作为对照的。
圣裔们所强调区别的“外孔”，其情况大致有二： 孔府档案属于私家档案，由于历代帝王对孔子后裔逐步封官加爵，官至一品，因此，孔府与皇帝关系逐渐密切，上下行文接连不断，全国各州府衙亦相继行文接洽关系。而用于孔府祭祀孔子的祀田达三十六万亩，分布在五省数百个县，因此县级政府与孔府间的关系亦非常多，再加上土地纠纷处理，更是文案复杂。孔府是一品官的衍圣公府，府内除三大公堂外，还有十大厅办事机构，各机构都有日常的工作文件，再加上祭林庙的各种帐册、府内生活的规定及帐册等，因此，资料极为丰富。
孔府档案以其历史长、数量多、内涵丰富而成为中国著名的私家档案。由于战乱孔府档案过去曾有损失，现存档案记录了孔府从明代嘉靖十三年(1534年)至1948年8月400余年的政治、经济、文化、思想、宗族等方面的情况，是研究历代衍圣公府的重要资料，也是研究我国封建社会的珍贵原始资料，具有很高的历史价值，孔府档案也为中国文献档案学提供了一个特有的典型范例，在档案史上占有重要的地位。 文件的保存原来较为分散，孔府凡属于上下及各州府县行文均保存在掌书厅书房内，由典籍官掌管，地亩册、契约、收租册，均保存在册房内；婚丧嫁娶及林庙祭祀酒席帐、祭品帐均保存在司房内；内务日常开支、工资帐和来往宾客帐均保存在帐房庶务室内；呈禀号簿、收文簿、发文簿、送文簿均保存在启事厅承启处内。以下族长衙门、百户衙门、管勾衙门、礼学、乐学、古乐传习所等，各厅房均有零星文件。1948年8月古物保管所成立后，把这些零星文件均收归书房保存。
1956年春，国家文物局局长王冶秋同志来曲阜检查文物保护工作时，发现了这批历史文物档案。回京后，派专家故宫博物院副院长单士元专门整理档案，故宫博物院保管部主任李鸿庆专门整理文物。把文物分成33大类，以后由文管会继续整理；把档案分存后五间房，单独列项，专库保管，以便以后整理。1956年 8月开始，国家文物局委托国家档案馆，派南京档案史料整理处 (现中国第二历史档案馆)专家常住曲阜进行分类整理，由金佳任组长，成员有郭鹏、丁家襄，参加整理的还有南京装裱工程先道。第一次整理工作截止于1958年9月。1959年夏季至国庆节，孔府进行复原陈列，将档案由后五间迁移至东大楼下保管，并批拨50方香樟木制成档案箱保护。1960年春中央委员国家档案局局长曾三同志来曲阜检查档案工作，指示：“要片纸不丢，只字不损，把档案保护下来。”从此又加强人力糊耳装订，至1966年8月“文化大革命”停止。1972年夏季又开始裱糊装订，建新帐登册，至1987年已编至9200余卷号。以后继续整理裱糊装订，现在还有部分残破卷页没有整理。 按照南京档案馆协助整理的分类，共分八个阶段(解放前孔府档案分类是按天、地、玄、黄、宇、宙、洪、荒)，这八个阶段时：明代、清代、民国、北洋军阀、国民党、敌伪时期、1946年解放、解放战争时期，始于嘉靖十三年，止于1948年8月。
每一阶段又各有分类，多寡不同，清代最多。每个阶段分类是：袭封、祀典、先贤、宗族、家谱、属员、庙庭官员、府内官员、学录、庶务、租税、林庙管理、徭役、刑讼、宫廷灾异、财务、文书等。
孔府档案内容非常丰富，涉及中国封建社会的各个方面。
宫廷政治方面的资料，记载了封建王朝登基、建储、巡幸、崩逝、柑庙配天、庆典朝贺等皇室大事，以及各种典籍制度。形式有奏折、京报、邸抄、公文簿册等。
祀典方面的资料，记载皇帝驾幸阙里，御祭孔子，赐给供器、匾联，遣官祭祀等。
袭封方面资料，记载孔氏子孙袭爵受封，设置孔氏职官以及家学、庙学职官、奉祀各先贤等。
宗族方面的资料，记载孔氏宗族支谱宗法族规、家庭事务，优免孔氏杂差徭役赋税等。
另外还有林庙管理、庄务管理、府务管理等。