1945年8月8日，苏联向日本开战，8月15日日本投降，苏联红军武装占领了全东北。由于蒋介石政权的反人民的本质，国内战争已成必然。这时，谁能抢先接收东北，便成为斗争的焦点。党中央决定调动山东等各解放区的十万大军和两万干部，向东北三省大进军，展开了争夺东北的斗争。
1945年9月下旬，王奎先带领由他任团长的山东北海军分区独立团一营，护送胶东军区副司令员兼五师师长吴克华和山东滨海支队司令员万毅，及其随行的几百名干部赴东北。他们由胶东蓬莱县滦家口乘船，横渡渤海湾，辗转赶到安东。到安东后，独立团改编为东北人民自治军东满军区吴克华纵队三支队，王奎先任司令员，吕其恩任政委，李道之为副政委。面临的主要任务就是尽快正式接管安东市政权。但当时形势复杂，特务与日伪军残余、地主恶霸相勾结，以“维持会”名义行使政权职能，暗中干尽奸*虏掠、残害人民、暗杀我军战士和地方干部的坏事，同时又将这些坏事向苏军诬告是我方所为，再加上苏军碍于同蒋介石政府的外交关系，对我军半信半疑，不准我军接管安东市政权。要打破这种局面,必须揭露敌人。
10月底，东满军区得知，蒋日伪合流的主要武装八百余人，占据安东市西北三股流山区。军区司令员肖华命王奎先和军区参谋处长吴瑞林率三支队向市郊搜索追剿，歼灭这股敌人。经过一场激战将敌全部歼灭，并活捉日本官兵11人。我军也伤亡数十人。这一仗，不仅是军事上的胜利，更是政治上的胜利。肖华司令员十分高兴，立即叫三支队政委吕其恩将俘虏的日本军官数人，缴获的日本军刀及我军伤员，带到苏军司令部。苏军在人证物证面前，明白了事情真相，马上同意我军接管安东市政权和歼灭市内日伪势力。当天晚上，王奎先率三支队和一支队配合，向市内敌人展开全面围剿，三千多日伪残余大部被歼，当场活捉伪省长曹承宗、次长渡边兰治。11月5日，安东市人民政府宣告成立，吕其恩任市长，王奎先任市卫戍司令。
11月10日，肖华司令员派王奎先率三支队7团前往沈阳，领受北满分局书记陈云同志交给的任务。当晚，王奎先就带部队坐上列车，于13日到达沈阳。陈云同志告诉他：“根据我们掌握的情报，将派降落伞部队随接收官员到哈尔滨，你带这个团要抢先进入哈尔滨。你们的任务是打降落伞部队，保卫北满分局，占领哈尔滨。”看着窗外纷纷扬扬的大雪，陈云关切地说：“行动一定要快，没有客车，只有运煤车了，你们一定要爬上去！部队在煤车上会又冷又饿……，你们一定要克服困难，比敌人抢先赶到哈尔滨！”当陈云知道部队没有冬装时，担心地说：“没有冬装怎么行？”他立即批示有关部门给三支队拨二千顶皮帽御寒，然后遗憾地说：“只有这个了。”首长那急切的心情、那充满信任的目光和对部队真情的关怀，促使王奎先横下决心，坚决完成任务！当晚，部队分别爬上两列拉煤北上的火车，大家或蹲或坐、躺在煤堆上。列车满载煤炭再加上一千五、六百人的部队,吃力地运行,几次在上坡时因动力不足向下滑,好不危险。
东北冬天的夜晚，气温在零下二、三十度，雪花飘舞，北风呼啸，寒彻肌骨。衣衫单薄的指战员们蜷缩着身子，冻得哆哆嗦嗦直打颤。大家饿了吃干粮，渴了吃雪团。没有大小便的地方，只好硬憋着。每到一个车站就挤着排着队大小便。但对王奎先来说，冻饿难耐还在其次，此时他心急如焚，考虑的是怎能抢在降落伞部队前面！部队行军和战斗将会遇到什么样的困难？……想着想着，列车夜间到达长春站，麻烦就来了。
原来，宋美龄到了沈阳、长春，苏联红军要注意政府外交关系，不许我军乘煤车北进。只能作为非武装人员由苏军“押送”过境，到外边小站再上车北进。王奎先经过和苏军副司令一番交涉，怀着沉甸甸的心情，做通了全体指战员的思想工作。为了完成陈云同志交给的任务，指战员们只得委曲求全，在黑夜中步行三十多里，赶到郊区小站，再继续搭煤车前行，于11月19日赶到哈尔滨。这次连续几天的艰苦行军，使不少战士冻掉了耳朵，冻掉了手指。
但是，局势突变。还是因为政府外交关系，苏军要我军立即撤离哈尔滨。王奎先想：现在打降落伞部队已不可能，但要选择有利于抢占哈尔滨的作战地点。他向松江军区聂鹤亭司令员建议，哈南的双城县是哈（尔滨）长（春）线、哈（尔滨）吉（林）线的交通要点，是哈尔滨的咽喉，又是个富县，人口多。可否由三支队李道之副政委率7团两个营随首长转移松江军区到宾县，自己带支直机关及7团一个营去双城县，既可以和宾县呼应，又可以尽早开辟哈南地区。聂司令员当即同意，于是王奎先和三支队新任政治委员张志善，带部队于20日下午乘火车赶到双城。
双城县蒋日伪合流的“维持会”，也和东北其他地区的“维持会”一样活动猖獗。他们用金钱美女拉拢苏联驻军，企图阻止我军收复双城，而且在城内外还有武装匪帮千余人蠢蠢欲动。王奎先在维持会设的“茶话会”上，当着苏军的面，揭露了维持会的两面派嘴脸，使他们暗中挑拨苏军对付我军的阴谋彻底破产。同时，经过侦察和群众揭发，先机捕获了暗藏的“先谴军”的七、八个军、师、旅长，收缴了武装的，建立了人民政权。从1945年11月至1946年4月，王奎先率部队先后进行了宾县、拉林保卫战和周家站、八家子、小山子围剿等大小三十多次战斗，歼灭了大量股匪，先后解放了宾县、双城、五常、木兰、巴彦等十几座县城，新开辟了哈南解放区。三支队（也称松江军区三旅）改为哈南军分区，王奎先任司令员。
1946年4月28日，苏联红军撤离哈尔滨市。北满军区参谋长李天佑统一指挥，我哈南军分区从南，哈东军分区从东，从延安来的三五九旅等从西北，分头向市区挺进，并先期秘密占领了市内军事制高点。松江省长关吉玉等军政人员及军队，见大势已去，狼狈溃逃。我军进入哈尔滨市后，组成哈尔滨卫戍司令部。聂鹤亭为司令员，钟子云为政治委员，王奎先任副司令员，李道之为政治部主任。王奎先率部队在大搜捕行动中歼灭哈市伪“铁石部队”匪军5000余人，捕获“中央先谴军”第五战区总指挥鲁兴武。5月4日，我松江省人民政府宣告成立。陈云同志亲自交待的“占领哈尔滨”的任务，在历尽艰难曲折后，终于胜利完成。哈尔滨是我军最早在全国解放的第一座大城市，是整个东北解放战争的战略后方。王奎先的7团，为解放哈尔滨进行了艰苦卓绝的斗争。12月20日，陈云在谈到地方武装建设时，指出：“东、西、北满各地每个分区都须有两个基干团（强者应如松江王奎先之7团，次者亦须如温玉成之1、3团），没有这样的团，敌来时是毫无办法支持地方的。”
7团没有辜负陈云同志的鼓励，他们于1947年1月至3月，参加了三下（松花）江南、四保临江的战役。配合其他部队，取得了歼灭蒋军主力两个多师的辉煌战果。1947年4月，王奎先所部在双城县组建成东北联军独立第四师，辖松江军区3个独立团。5月中旬，以歼灭敌有生力量和打通南北满联系为目标的夏季攻势开始。王奎先师长和栗在山政委指挥独4师，在夏季攻势打5仗，歼敌舒兰县长兼少将保安司令回恩正以下千余，吉林外围广大地区均为我军控制。从9月起，独4师参加秋季攻势。10月2日，王奎先指挥独4师奔袭中长路上范家屯之敌，毙敌骑兵第1军第2师少将师长金赞中以下59人，俘敌官兵112人，缴获战马60多匹。12月初，东北野战军为配合全国战场而发起冬季攻势。1948年2月17日，独4师配合1纵等主力追歼法库逃窜之敌。俘敌62师政训处少将主任王治以下1400多人。
4月，东野第12纵队成立，司令员钟伟，政委袁升平。辖三个师。独4师编入为35师，师长王奎先、政委栗在山。下辖103、104、105三个团。6月22日起，35师参加围困长春的战役。9月中旬，辽沈战役打响。9月30日，35师随12纵队担负中长路长春至开原段钳制敌人的任务，使沈阳之敌不敢北援，长春之敌不敢南逃。10月19日，长春解放。11月1日，我军对沈阳发起总攻。2日，35师协同兄弟部队攻入沈阳。3日，中央电贺东北全境解放。在辽沈战役中，35师先后歼灭大兴屯、苏家屯、宝石寨、三间房守敌，四战皆捷，歼敌5800余人。