勒拿河主要分为3段，每段约1,450公里（900哩）：从源头至其支流维季姆（Vitim)河为上游，从维季姆河至阿尔丹河口为中游，从阿尔丹河口至拉普捷夫海为下游。流域东面是朱格朱尔山脉、维尔霍扬斯克山脉、奥路尔干山脉和哈拉乌拉赫山脉，构成勒拿河与亚纳河、因迪吉尔卡河及流入鄂霍次克海各小河流之间的分水岭。流域南面，与贝加尔湖和黑龙江（阿穆尔河）流域的分水岭是贝加尔山脉、雅布洛诺夫山脉及斯塔诺夫山脉。流域西面与奥列尼奥克河、哈坦加河和叶尼塞河右岸各支流流域的分水岭是契堪诺夫山脉、维柳伊山脉和中西伯利亚高地。
勒拿河流域面积很不对称，在奥廖克马河汇口以上的上游部分，右岸各支流的流域面积约占整个流域面积的70%。 勒拿河上游流经山地、高原，谷深岸陡，高出河面达300米（1,000呎）。这些陡坡是在右岸由北贝加尔山形成的。河谷宽度在16～96公里（1～6哩）之间，但在一些深谷可狭窄到仅213米（700呎），多急流石滩，具有明显的山地型河流特征。
勒拿河在中游变得又宽又深。尤其是在与奥尔约克马（Olyokma)河合流后，水的补给增加了，河的宽度达到16公里（1哩）。从维季姆河口至奥尔约克马河，勒拿河沿右岸帕通高原的边缘流过，形成一个巨大的拐弯；在有些地方，河谷宽度增加到32公里（20哩）。谷坡平缓，并为森林染成绿色，河流形成的轮廓分明的台地沿谷坡分布。在河谷的这一段，有一个广阔的氾滥平原，上面小湖星散。
在奥尔约克马河以下，河谷特征遽变。在从奥尔约克明斯克(Olyokminsk)至波克罗夫斯克（Pokrovsk,雅库茨克上游97公里〔60哩〕处）的一段约644公里（400哩）的流程中，勒那河沿狭窄的河谷底部奔流，谷坡陡峭参差。巨大的石灰岩层有时像城堡废墟，或柱子，或人与动物的形状；这一地区是游人和攀岩者喜欢的去处。勒那河的几条最大的支流在这一段汇入。除了维季姆河与阿尔丹河，还有从右岸注入的大帕通河与奥尔约克马河，以及从左岸注入的纽亚河（Nyuya)
。在阿尔丹河口以下，勒那河谷宽达19～26公里（12～16哩），泛滥平原的宽度达6～14公里（4～9哩）。勒那河在这里进入雅库特低地。河道呈现为一个巨大的弧形，环绕位于东部的维科扬斯克山脉向西北延伸，继而转向北部。泛滥平原多湖，常为沼泽、河床分岔，形成许多岛屿和支流。深15～21米（50～70呎），但也有许多水浅的河段，分布著沙洲。 在河流最后一段──在若尔顿戈（Zholdongo)岛与三角洲之间──勒那河在流经两岸高山之间的隘口时，河谷变窄，宽约16公里（1哩）。三角洲状如矩形半岛，延伸到拉普捷夫海中约121公里（75哩），宽约282公里（175哩）。 勒拿河三角洲位于冰封荒原的庞大河系，发源于贝加尔湖附近，在俄罗斯的冻土带分成150多条的水道。三角洲阔400公里，湿地。三角洲的一部分已列作保护用途，称为勒拿河三角洲野生生物保护区。在三角洲曾有猛犸象象牙出土。
勒拿河同鄂毕河和叶尼塞河一起，都是西伯亚利中部向北流动的宏伟长河，勒拿河发源于贝加尔湖正北的山区，流经4393公里，进入拉普帖夫海和北冰洋。勒拿河是两个不同区域的分界。西部是中西伯利亚高原，是浓密连绵的泰加林分布区，一片由云杉和松树组成的荒野，最多的是落叶松。东部是雄伟的上扬斯克山、孙塔尔哈亚特山和切尔斯基山，生长着难以穿越雪松林和松林，那里的冬天是除南极洲之外地球上最冷的地方。
从勒拿河源头沿河而下乘2小时的水上快艇可达80公里长的被称为“勒拿柱”的地区。这些垂直的石灰岩悬崖，阻断了连绵广袤的森林。岩柱高183米，被侵蚀成迷人的形状，类似于中世纪教堂的尖塔。继续顺流而下是下勒拿水电站，它靠河流巨大的水力发电。
勒拿河三角洲占据的地理区十分辽阔，面积仅次于美国的密西西比河三角洲。它占地38073平方公里，庞大的河系分成150多条水道。尽管它是最大的永久性冻土区的三角洲水系，大量的泥沙有规律地顺流冲下来，沉积在三角洲地区，这就意味着三角洲处在不断变化之中。在这远北地区，勒拿河一年中有6至8个月是结冰的，因此这不能为贸易运输广泛使用。但每年的五、六月间，上游来的融冰水使河水猛涨，形成俄语中的paciiythlia,其字义上的解释是道路泥泞的季节，这个术语意味着完全无法通行。
1985年，勒拿河三角洲的广阔地域被定义为乌斯基自然保护区。当时的苏维埃政府设置这一14323平方公里的区域用来保护29种哺乳动物、95种鸟类、723种植物，在这为数众多的名单上，有熊、狼、驯鹿、黑貂、西伯利亚鸡貂等，也是诸如贝维基天鹅和罗斯鸥等鸟类的繁殖地。
勒拿河周围的泰加带冬天十分严寒，意味着全年生活在此的哺乳动物和鸟类，需要特殊的适应能力，以对付零下的气温。像北极金翅雀和西伯利亚山雀等鸟类有非常浓密的羽毛，当天气变得十分寒冷时，它们蜷缩成一团以保护自身的能量。像赤狐、灰狼、黄鼠狼、貂、水貂、黑貂等哺乳动物发育了特别软、厚的皮毛。黑貂的皮毛特别精细，这些动物常因其皮毛而不幸遭人捕猎。另外一些动物，比如狼磅学会了生活在雪下能保持暖空气的地方，而且整个冬天能继续以那些在冬季月份中还能生长的小植物和昆虫为食。