中国作物学会于1961年12月20-28日在湖南长沙召开第一次会员代表大全，正式成立。大会选举金善宝为理事长，杨开渠、胡竞良、戴松恩、蔡旭、何康为副理事长，戴松恩兼秘书长，另有19名常务理事和26名理事组成了第一届理事会。隶属于中国农学会。
1979年在山西省太原市举行的全国农业学术讨论会期间进行换届选举，并组成了第二届理事会。金善宝为理事长，戴松恩、蔡旭、陈永康、方悴农、吴绍暌、孙仲逸、王金陵、李竞雄、袁隆平为副理事长，戴松恩兼秘书长。另有11名常务理事和85名理事组成第二届理事会。隶属于中国农学会。
1983年10月在北京进行了换届选举，李竞雄为理事长，王金陵、刘大钧、庄巧生、陈一吾、郑丕尧、胡恒觉为副理事长，吴景锋为秘书长，诸德辉、黄铁城为副秘书长，戴松恩、蔡旭、吴绍暌、诸宝楚、许传祯、沈学年、孙仲逸为顾问。另有11名常务理事和73名理事组成了第三届理事会，隶属于中国农学会。
1985年3月5日经国家体改委体改办字(1985)第17号和3月20日中国科协(1985)科协发学字089号文件正式批复，中国作物学会被批准为国家一级学会，并成为中国科协的团体会员。挂靠单位为中国农业科学院作物育种栽培研究所。
1988年4月28日在中国农业科学院进行了换届选举，庄巧生为理事长，过益先(常务)、王连铮、李振声、郑丕尧、刘大钧、赵德芳为副理事长，吴景锋兼秘书长，黄铁城（兼）、陈坚、李春华为副秘书长。另有14名常务理事和72名理事组成了第四届理事会。
1994年4月在北京农业大学进行换届选举，王连铮为理事长，过益先(常务)、李振声、吴景锋、董克勤、盖钧镒、戴景瑞、杨炎生、辛志勇（增补）、赵德芳为副理事长，李春华为秘书长，黄铁城、陈坚、金沛、杜娟（1996年1月增补）为副秘书长。金善宝、李竞雄、庄巧生为名誉理事长。另有14名常务理事和79名理事组成了第五届理事会。
1998年4月在中国农业科学院进行换届选举，王连铮为理事长，刘 旭、辛志勇、李继扬、杨炎生、凌启鸿、傅廷栋、戴景瑞为副理事长，陈新华为秘书长，陈坚、赵明、杜娟为副秘书长。庄巧生为名誉理事长，过益先为名誉理事。另有17名常务理事和75名理事组成了第六届理事会。
2002年4月在北京中国科技会堂进行了换届选举，路明为理事长，辛志勇（常务）、刘新录、李家洋、李晓林、陈刚、孙其信、盖钧镒、傅廷栋、翟虎渠为副理事长，陈新华为秘书长，陈坚、赵明、赵久然、杜娟为副秘书长。刘坚为顾问，庄巧生、王连铮、李振声、董玉琛为荣誉理事长，过益先、吴景锋为荣誉理事。另有21名常务理事和96名理事组成了第七届理事会。