从姜太公封齐、庶子印以丘为姓，到娄嘉奔楚、改姓左氏，再到成避乱迁鲁，左丘明的先人经过了自“姜”而“丘”，由“丘”改“左”的姓氏转换，同时也经历了齐、楚、鲁三地的坎坷迁移，可以说是家世遥远、演变曲折。
左丘明的儿子瞻，精通儒道，学识渊博，品德高尚。孙子启同样博学多才，长期做鲁国的大夫。四代孙诚是位超凡脱俗的隐士，才华出众。王莽新政时，曾召集天下学者为其所用，十五代孙起也受到招聘。起因不愿为王莽效力，担心王莽加害自己，于是改姓为丘，逃避到陶阳隐居起来。
都君邱氏姓氏出于左丘明。《风俗通义佚文·姓氏》曰：“丘氏，鲁左丘明之后。”是左丘明后裔有姓邱氏者或邱氏有出左丘明者在东汉文献有证。丘、邱通用，耳旁为后加。左丘明及其早期后裔姓左，与都君邱氏在两汉之际改左为邱相连贯。
按《精舍志》记载，肥城都君邱氏即左丘明嫡传后裔，这支后裔世系清楚，两千多年来一直居守故邑祖墓。左丘明后裔邱氏宗族世守都君，其家谱《左传精舍志》所记左丘明以来的世系，北宋初年以后可靠资料日多，有不少史籍、方志、碑记、诗文等作证，可以不用怀疑。宋代以前从东汉初年开始渐有零星的佐证资料。汉人《风俗通义》谓邱氏出于左丘明。北齐《魏书·地形志》、唐《元和郡县志》都记载了左丘明墓，地址与都君吻合。
然《前汉书·鲍宣传》中凡王莽征召不出者具列姓名，其中并无邱起，且既改姓避莽，何以又筑左传精舍，使欲盖弥彰？” ⑦礼部驳议看似不无道理，但毕竟有些不顾历史变迁而过于苛求古本。又王莽征召人才甚滥，《鲍宣传》焉能包罗“具列”不出者名单，而建左传精舍时已时过境迁，岂得谓其欲盖弥彰，后辈应该历史地去看待左传精舍与邱氏家谱的出现。东汉初年它们出现之前，左丘明后裔在文献中没有任何踪迹，这与《左氏春秋》原为独立编年史、尚未向《春秋》学演变相一致，如果当时有其踪迹才是怪事。西汉经学的兴盛和刘歆对《左氏春秋》的珍重使其开始向传演变，嗜好经古文学的王莽寻求左丘明后裔本在情理之中，而丘明后裔却不知是福是祸，不敢轻易登上王莽的险船。东汉初年江山易手，经学统治地位依然，尽管经今古文学家对《左氏》是否传《春秋》还在进行争论，时代却给邱氏提供了借经人仕和光宗耀祖的良好条件，于是邱氏宗族便开始有所活跃。对于古代重视宗统的文化家族，15代世系的记忆并非难事，所以“邱堂纂续旧谱”当有所据，尽管这段时期文献无征，但结合历史去看倒也基本可信。
可以说，都君邱氏即左丘明嫡传后裔。他们世居祖地，战国、西汉默默无闻，到新莽时改左为邱，东汉初年随着《左氏》传经而大修祠堂家谱，其后便在文献中逐渐露出了清晰面貌。
《左传精舍志》的主体资料基本可信，具有一定研究价值，不过左丘明与楚左史倚相没有血统关系，“姓谱”部分多属伪托。从现有资料看，左丘明后人当有左、邱二姓，其中作为嫡系后裔的肥城都君邱氏宗族比较可信，其余各地左、邱两姓中的旁支后裔尚有待探讨。
清雍正三年（1725）为避孔子名讳，奉旨“丘”旁加“阝”改为邱氏，今石横邱氏皆为左丘明之后人。 《精舍志》 卷五《谱系志》“姓谱”云：“太公封于营邱？支子印遂以邱为姓。”又云：“（邱明世为鲁左史官）因以左为姓氏，其后裔？去左袭邱，隐居陶阳，复以邱为姓氏。”“世系”对改姓记载同于“姓谱”。卷四《艺文志》所收“宋祥符二年平阴令范讽重修左传精舍记”碑记亦谓“乃避新莽之乱，去左袭邱。”这些资料透露出两点信息：一是丘明当有左、邱两姓后裔，二是邱姓并非皆出丘明。
按“世系”所录，左丘明及其后人为左姓时共15代，15代中第4、8 、9 、1 2四代各生二子，第6代生三子，其余各代都是单传。“世系”专记嫡长子，嫡长子所生之次、庶子或许有所忽略，因此所谓单传未必就是实际上的单传，旁支当比“世系”所录更多。即以“世系”所录计算，嫡长子一支始终为一，旁支在不同时间的四代中杈出有六，六支尚会继续分杈，是两者比例至少为1：6。邱起改姓时，第4、6两代的半数旁支与嫡长子的血缘关系己隔10代左右，8、 9代两个旁支也早已出了五服。他们或许已经迁离故土，或许继续守居祖墓，前者应当继续姓左，后者也不一定全部追随邱起改姓邱氏。例如，据《大明一统志》《山东通志》《曹州府志》《曹南文献录》等方志记载，定陶一带有陶丘，或名左山，有左丘明墓及左姓居民；又据地方调查，今汉上南陶村有不少左姓居民，皆奉左丘明为远祖。邱起“隐居陶阳”当与彼两地相关，很可能正是投靠那里的旁支同宗隐居。旁支后裔迁离故土定居，起一始祖坟墓供奉并不奇怪。上述两地左姓或许就是邱起之前左氏旁支后裔，不可轻易予以否定。邱起之前旁支保留左姓，且宗族规模应该大于改为邱姓的嫡支，邱起之后嫡支改为邱姓，是左丘明当有左、邱二裔。 《姓谱》所谓太公支子以邱为姓，在《风俗通义佚文·姓氏》《通志·氏族略》《姓考》等姓氏文献中查之有据，是邱姓有出于周初姜太公者；《左传》昭公二十三年有邾大夫丘弱，是邱姓有出于春秋邱弱者；《风俗通义佚文·姓氏》云“汉末丘俊持节江淮，属王莽篡位，遂留江左，居吴兴”，是邱姓有出于西汉丘俊者。三者皆非左丘明后裔。又据《风俗通义佚文·姓氏》，汉代有常丘、商丘、瑕丘、蛇丘、佘丘、虞丘、渠丘、葘丘、谢丘等复姓，多为后世不见，或许去复为单而成邱姓。古人依邱而居即可姓邱，是邱姓多源，不出于左丘明者多也。左姓多出于左职，左职并非仅有左史，左史并非仅有左丘明，《淮南子·览冥训》《史记·龟策列传》有商末左强，是左姓亦为多源格局。 尚若倚相、孔子、左丘明系同一代人。孔子（前551-前479）生卒年代明确，无须考证。倚相始见《左传》昭公十二年，是年即前530年（周景王十五年），上文《精舍志》所云倚相事即本《左传》。当时倚相随军出征，能读《三坟》等书，年龄不会少于20岁。有人研究以为，“（楚）左史应是倚相与左史老的氏称”，“晋楚左史皆系氏称，氏称源于官名”，“楚左史当来自于晋左史”，是鲁襄公二十一年（前552）“与栾氏一起逃奔到了楚国”。其说并非毫无根据，倘若成立，则倚相不出于齐。另据《汉书·古今人表》倚相在时序上居于丘明之后。如果左丘明确系楚左史倚相之孙，则左丘明的家世或许可以向前追溯，但文献证明两人根本没有血统关系。
而根据存世的刘向《别录》佚文“左丘明授曾申”，以及陆德明《经典释文·序录》所记“左丘明作《传》以授曾申”等史料判断，可知左丘明的出生年代约与孔子晚年弟子曾参及曹恤等人大致相当。即左丘明在年龄上应为孔子的孙子辈，而约生于鲁定公在位的中期；而据《左传》、《国语》二书对于历史人物的称呼来看，可知左丘明应当卒于鲁元公在位时期，即公元前五世纪晚期。
千百年来，史学界对左丘明的姓名及其里籍、墓地等，却多有不同见解，有说枣庄峄城人。2000年9月2日至4日肥城市举办了中国首次左丘明文化研讨会，北京大学、中国社会科学院、山东大学等院校近40位专家、教授、学者以及海内外丘氏宗亲代表云集肥城，进行学术交流。大会有20多件论文进行了交流，一致认为，根据掌握的材料认定，左丘明的墓地与故里均在今肥城市石横镇衡鱼村，左丘明是丘（邱）氏的祖先。大会成立了左丘明文化研究会。
公元前452年前后，左丘明因病逝世。根据左丘明生前嘱托，遗体安葬于其所植银杏树“一箭之地”的都君庄东高地上，在这里可东向齐都，南顾鲁城，表达了左丘明的齐鲁情缘。有关左丘明墓的记载最早见《魏书·地形志》。言：“东平郡领县七：无盐、范、须昌、寿张、平陆、富城（汉晋属。有富城、卞城、武强城、左丘明冢） 刚。”富城遗址位于肥城市王庄镇，其疆城包括今肥城市的王庄、桃园、石横、湖屯等乡镇。《汉书人表考》也载：左丘明“葬泰安肥城县西南五十里肥河乡都君庄”。清康熙十一年《肥城县志》载：“左丘明墓在城西南五十里肥河乡都君庄正觉寺之西。”宋王去非诗《题左丘明墓》也准确说明了其位置。诗中说：“寺压古坟阙已摧，坟前古树已凋衰。未能迁寺还封树，每到都君一泪垂。”清俞正燮在《左丘明墓考》中，更依据《水经注》《魏书》《通志》《元和郡县志》《天顺一统志》等史料，力排左丘墓在东平、峄（山）、曹（县）说，认定“丘明墓依古籍在今肥城，审矣！”。