首先，我们来说一下PCR技术所用的酶。所用的酶是Taq DNA聚合酶，现在已知的所有的DNA聚合酶在使单个的脱氧核苷酸聚合的时候都有一个共性，它无法从头开始，只能在一段序列的末尾续接。在生物体内DNA自行复制的时候也是如此，只不过那个引物是生物体内RNA聚合酶合成的一段RNA，在PCR的时候引物是人们合成的一段DNA。PCR技术大致有三步：第一步94°C使DNA变性，双链变单链；第二步65°C退火；第三步72°C延伸 依次循环。Taq DNA聚合酶是从极端微生物体内提取的，可以耐受高温，所以用它。说到引物，就可以说说一些在引物上做文章的技术。定点突变技术，在PCR的时候把引物的某一个核苷酸换成需要的突变核苷酸，PCR之后的产物就是在人为突变引物的后面续接而成的，就可以得到突变的目的DNA。这里只是举一个典型例子，具体的在你今后学《分子生物学》和《生物化学》会逐步学到。

PCR扩增技术已广泛地用于分离目的基因。如果知道目的基因的全序列或其两侧的序列，可以通过合成一对与模板DNA互补的引物，十分有效地扩增出含目的基因的DNA片段，采用常规PCR技术扩增分离目的基因比较方便，但必须知道待扩增目的基因DNA片段的核苷酸序列，或者至少要求DNA片段两端长约20bp的序列是已知的，这样才能设计PCR引物进行有效做PCR扩增反应。

此外，利用常规PCR反应，允许扩增的DNA片段长度一般在1kb以内，超过1kb时扩增效果显著下降。对于扩增未知核苷酸序列的目的基因，或是那些长达几千碱基对的大基因，则需要选择特殊类型的PCR策略，目前已采用的有套式PCR、反向PCR、不对称PCR、锚定PCR、长程PCR、反转录PCR、锅柄PCR和AluPCR等。

区别：对未知序列进行测序，可以通过PCR把整段基因都扩增出来，但是因为现在测序的技术限制，DNA片段两端的序列是测不出来的，直接PCR产物测序的结果只能获得基因中间部分序列。所以利用细菌的T载体进行TA克隆，把基因整合到质粒上扩增，然后用质粒上的引物再PCR，让整个目的基因成为新一轮PCR产物的中间部分，这样再测序就能够获得整个目的的全长序列。另外，PCR扩增平均每1000个碱基就有两个错误，保真性远不及菌体内复制。

PCR合成的时候当然不只是需要引物，模板链也就是目的基因片段是必须的。

因为DNA聚合酶合成DNA时只能从一段已有的DNA片段往上加脱氧核苷酸延伸子链，而不能从头合成，所以需要一段引物。引物就是目的基因在5'段的一小段序列，在于模板链结合后，Taq酶对其延伸完成复制。

所以说模板不仅仅是和目的基因有关，应该其本身就是或含有目的基因。

　　基因鉴定时一定要先经过PCR技术，直接进行鉴定是不行的。

　　基因鉴定技术是一项生物学检测技术，人体细胞有总数约为30亿个碱基对的DNA，每个人的DNA都不完全相同，人与人之间不同的碱基对数目达几百万之多，因此通过分子生物学方法显示的DNA图谱也因人而异，由此可以识别不同的人。所谓“DNA指纹”，就是把DNA作为像指纹那样的独特特征来识别不同的人。由于DNA是遗传物质，因此通过对DNA鉴定还可以判断两个人之间的亲缘关系。

　　基因鉴定的原理其实是DNA分子杂交，这种分子杂交是在缓冲液中进行的，由于DNA分子杂交时，两个分子相遇的机会不是很大，所以就需要众多的带有目的基因的DNA与待测的DNA分子，而PCR技术就是将目的基因进行扩增的一种技术手段，所以在进行基因鉴定时并不是直接进行鉴定的，而是先进行PCR技术将目的基因扩增再进行鉴定。