2005年清明节，湖南湘潭县湖田马氏，决定重修马氏族谱，经多方努力，寻访到了祖居地的江西永新马氏，并在永新迁安福的柘田马氏处找到了修于清干乾隆三十七年（1772）《永新溪冈马氏重修宦谱》，经与湘潭 1933 年所修的《湖田马氏五修族谱》核对，确定湖南湘潭湖田马氏出于江西永新县无误。江西安福发现修于清乾隆三十七年（1772）《永新溪冈马氏重修宦谱》，确定江西永新县象形乡马家村系马英九先生的马氏始祖马子仪故里。2005年5月，湖南、江西马氏代表数百人在湖南株洲召开《溪冈湖田马氏重修族谱》会议，研究重修族谱事宜。当初远在台湾的马英九之父马鹤凌先生得知此事，欢喜异常，来电热烈祝贺，表达了将台、港、澳及在海外的马氏后裔入谱的希望，并请将会议情况录像光盘寄台湾一睹盛况。
值得一提的是，马英九的前辈中有多人在民国政府中担任要职，与国民党首要人物关系密切，因此 1933 年的《湖田马氏五修族谱》修成后，国民党总栽蒋介石写下“化家族为国族”、胡汉民写下“世世守之”、汪兆铭写下“世德长留”、何键写下“敬宗收族”的题词。
台湾公布的有关马英九个人简历资料，说明马英九于民国 39 年（1950年）7 月 13 日出生于香港。后来，更有人准确地说出他的出生地是位于香港九龙的广华医院。实际上，在台湾的马英九一直都没有出生证，直到几十年后，马英九从政坛暂退，进入台湾政治大学当教授，才第一次来到香港，终于在广华医院找到了自己的出生证明，这才清楚自己的准确出生日期和地点。相较于一些官夫人，马英九夫人周美青宛如“隐形人”。马英九的家庭生活一直保持低调，非常不希望政治入侵，也不让家人涉入他的工作。马英九三十出头就在蒋经国身边历练，见识过宫廷的险恶，深谙洁身自爱的重要性。历史经验告诉他，把家人扯入政治，不仅永无宁日，且常无好下场。周美青除了选举时期帮他拉票，一直都谨守分际，闭口不谈马英九工作上的是与非。她很珍惜自己在财经专业的成就，不让自己的专业形象减分。周美青是位标准的职业女性。她白天上班，晚上回家做饭做菜。做事干练、快人快语的她强调不愿做“政治花瓶”，不愿像附属品一样跟着丈夫到处拜访或参加社交活动。1998年 7月，周美青第一次公开露面，就给媒体留下了深刻印象。她说话简洁、率真，毫不客套修饰，甚至冲着马英九频频开炮，与一般官夫人以夫为尊的态度截然不同。
马英九出生于香港，这一点勿庸置疑，问题是，他何以出生在香港而不是大陆或者台湾？有关的介绍文字，出了多个不同的版本。
版本之一：1949年，马鹤凌带着妻子秦厚修从大陆来到台湾。可是，他们的三个女儿还留在大陆。为了接女儿来台，马鹤凌只身潜回大陆。他前往大陆前，因为将怀孕的妻子留在台湾不太放心，便将其安置在香港，以便自己从大陆返回时，一家人能立即团聚。就在马鹤凌在大陆找女儿的时候，秦厚修在香港生下了马英九。直到 1951 年，马鹤凌带着三个女儿从大陆来港，家人团聚，然后才一起来到台湾。
版本之二：1949年，国民党在大陆的败局已定，马鹤凌因为在蒋介石和蒋经国身边，知道国民党下一步将经营台湾，所以，他将妻女等送到台湾，安顿之后，又重返大陆。他返回大陆，据说是为了参加西南的会战。岂知，他离开不久，秦厚修因为送朋友到香港治病，来到香港，并且在香港生下马英九。因为孩子太小，一时无法离去，兼且丈夫身在大陆，她便决定在此等丈夫回来。
版本之三：1949年初，国民党在大陆败局已定，马鹤凌带着妻子秦厚修去了台湾。不久，马鹤凌奉蒋介石之命，返回大陆，参与组织国民党的残余军力，准备参加在西南地区的会战。当时，秦厚修已有身孕，马鹤凌不放心让她只身留在台湾。于是，他把妻子安置到了香港。1950年7月13日，马英九在香港的广华医院出生。第二年，台湾的局势初步稳定，马鹤凌这才带着妻子和儿子离开香港，到台湾安家立业。
由此可见，马英九在香港出生，本身就是在国共两党激烈斗争背景下的“产物”。只不过，幼时的马英九，对此不可能有什么体会。马英九的祖父马立安，是个热心的乡绅，修桥、铺路、兴学、办团练……为乡里做过不少善事。抗战胜利后，马鹤凌回到湖南老家，继承了这种家风。他一把火烧了佃农们历年积欠的粮租契约、各种账册，并表示，马家佃农的债务从此一笔勾销。此举颇得人心。1949年湖南解放后，马家在土改运动中也遭到批斗，但连续4次公审，当地政府都是以“地主善霸”的名义对待马家。后来，一位马家佃农的儿子，为了报恩，趁着黑夜，放走了被拘押的向敦老太太。她离开家乡，转道香港，与儿子马鹤凌团聚，然后辗转来到台湾……