三公九卿是为君主集权但行政上具有一定自主性，而三省六部制是行政分权《相互制衡》实质上也体现了君主集权。 秦汉以后三公九卿有了具体的职务，可以算是机构了。那时三公为丞相、太尉、御史大夫。九卿为奉常、郎中令、卫尉、太仆、廷尉、典客、宗正、治粟内史、少府，分别掌管不同事务，到了隋朝，为了加强中央集权，那么就不能让丞相掌握太大的权力，就把丞相的权力一分为三，设三省，中书省、尚书省、门下省，中书、门下二省的长官都是丞相头衔，尚书省又下设六部：吏户礼兵刑工，基本代替了以前九卿的职务，分管六个不同方面的事务，各部长官也是丞相头衔，因此从前属于丞相一人的权力被分成8部分，大大加强中央权力，这就是三省六部制。