秦朝末年秦始皇的儿子胡亥和扶苏的部分子孙迁居到朝鲜，后来他们再由朝鲜迁到日本，此时他们已改姓“秦”。到日本的初期他们中有人掌管日本朝廷的出纳工作并且为天皇养蚕织绢，天皇赐姓、叫其中一部分人改姓“太秦公”。雄略天皇执政时期（公元456-479年），姓秦的秦始皇的后代在当时日本京城的人口中占了92部，总共18670人，到日本钦明元年（公元540年）时在京都繁衍到了7053户、35000人左右。现在日本京都附近的太秦就是日本秦氏的初居地。到九世纪时，日本秦氏已分支成太秦公、秦、秦冠、河内秦、山城秦等15个姓氏，到现在，日本秦氏已分化出总共44个姓。明治维新时日本政府要求所有的日本人都必须有姓（此前很多的日本百姓没有姓、没有学名大名、只有小名）并且强迫部分秦始皇的后代改姓羽田、波多等姓，京都的秦氏家庙（祠堂）及有关的历史文献遭到破坏（家谱就是一种历史文献）。

下面我列举一部分日本秦氏后人所拥有的姓：

秦内、太秦公（秦始皇三世孙 孝武王的后代，日本天皇先后赐封秦始皇的后代中的几个人为孝武王、男功满王、男融通王……）、秦公（姓这个姓的人是秦始皇帝孙“孝德王”的后代）、秦长连、秦野、秦井、秦多、秦当、秦佐、秦冠、秦前、秦党、秦原、秦小宅、已智、三林、长冈、……

秦氏后人中在日本比较著名的有：

1、秦野章（姓“秦野”）：80年代初中曾根任首相时他任法务大臣；

2、秦真次：昭和时期（就是裕仁当天皇时）曾当过陆军中将，福冈县人。

3、秦朝元：恒武天皇时的重臣 藤原种继的岳父，权倾朝野

秦氏宗谱深藏86年后于滨湖区胡埭西溪现身。西溪位于胡埭西南角，是锡西地区第一个中共党支部诞生地。在这块土地上聚居着数百户秦姓村民，他们都是秦观的后裔。在惠山二茅峰下，至今还留有一个“秦龙图墓”，并竖有“秦观墓”的牌坊，两侧写有“东南准海、国士无双”的楹联，是江苏省文物保护单位。明朝两京五部尚史秦金也是秦观后代，秦金墓现位于该镇林场，也是省级文保单位。

宗谱收藏者秦瑞云说，这册完好的秦氏宗谱是经几代人精心呵护才得以留存至今。据介绍，这册首次亮相的西溪秦氏宗谱，曾于民国11年续修过。昨天新续编的秦氏宗谱，是在一批热心地方文化人士的倡议下，在该谱基础上收集整理而成。新续编的秦氏宗谱共600页，分装成厚厚的6卷，定名为《无锡西溪秦氏宗谱》，由正规古籍出版社出版。记者看到，该谱图文并茂、装帧考究，还有祠堂记、家规、家训等与和谐社会相匹配的内容。该宗谱为欧式编排，女子也上了谱。负责印刷的扬州古籍印刷厂厂长韦女士说，这套家谱是他们厂近几年来印刷得最为完整和讲究的家谱，完全可以参加评奖。